Maria João Seixas licenciou-se em Filosofia pela Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa em 1969. Durante os Governos Provisórios, de 1974 a 1976, foi secretária e adjunta do major Vítor Alves, tendo em seguida integrado a equipa de Maria de Lourdes Pintasilgo na Comissão da Condição Feminina (1976). Entre 1995 e 1997, assessorou o primeiro-ministro António Guterres para os assuntos culturais. Foi mandatária por Lisboa das candidaturas de Jorge Sampaio e Mário Soares à Presidência da República, respectivamente em 1996 e 2006. No cinema colaborou com o realizador Fernando Lopes enquanto co-argumentista de O Delfim e co-autora de Lissabon, Wuppertal. Na RTP2, foi autora e apresentadora dos programas Quem Fala Assim… (1994), Sempre aos Domingos (1995) e Olhos nos Olhos (1998). Na RDP2 fez parte, até 2010, do painel semanal do programa Um Certo Olhar. Publicou mensalmente, durante seis anos (1999-2006), Conversas com vista para... no jornal Público, entrevistas entretanto editadas em livro. Entre Janeiro de 2010 e Dezembro de 2013, foi directora da Cinemateca Portuguesa-Museu do Cinema, sucedendo a João Bénard da Costa.